御詠歌の起源は、花山法皇の西国巡礼にあると言われ、西国三十三観音巡礼の歴史は古く奈良時代までさかのぼります。
伝えられている所では、 三十三観音霊場を選んで一般の人に巡拝を呼びかけた大和の長谷寺の徳道上人が奈良時代の718年に病にかかり生死をさまよった時に夢の中で閻魔大王に出会ったそうです、そして閻魔様に「お前は未だ死ぬことを許さない。帰って三十三所の観音霊場があることを人々に知らせ、世の悩める人々を救いなさい。」と言われ、起請文と三十三の宝印を授けられたそうです。 しかし、当時の人々はこの話を余り信用しなかった為、上人はやむなく授かった宝印を摂津中山寺の石棺に納められたと伝えられています。
（その時の巡路は現在とは異なり、1番目はもちろん長谷寺(現8番)で、現在1番の紀州那智の青岸渡寺は6番目、現在最後の谷汲山は18番目、最後の33番目は現在10番の三室戸寺だったそうです。）

約270年後、それまで途絶えていた観音巡礼を再興されたのは「西国札所中興の祖」と呼ばれる花山法王でした。 花山法王は17歳で第65代花山天皇となられますが、在位わずか二年で皇位を退き、寛和2年(986年)19歳の若さで法皇となられました。
その後、出家された花山法皇が三十三所観音霊場巡礼を発願され、姫路書写山の性空上人と共に摂津中山寺の石棺の三十三の宝印を捜し出されたそうです。 そして平安時代の永延2年(988)3月17日、花山法皇は河内石川寺の仏眼上人や摂津中山寺の辨光上人や性空上人らとともに笈に納めた十一面観音像を背負われて紀州熊野那智山に向かって三十三所観音霊場巡礼再興の旅にでられたそうです。

そして那智山青岸渡寺を一番札所と定めて「補陀洛や 岸うつ波は 三熊野の 那智のお山に ひびく滝つせ」の１首を奉納されました。これが御詠歌の最初と言われています。
（道なき道を進まれ、野に伏し山に寝て、雨に打たれながら進まれた花山法王の参拝巡路が現在の西国三十三所観音の参拝巡路となっているそうです。）

（　西国三十三観音の巡路の謎　）

西国三十三観音の御詠歌はその巡拝時に花山法皇が全ての和歌を作られ、お寺に奉納されたものだそうです。

後に、参拝者が和歌に簡単な節を付けて唱えだしました。これを当初は「巡礼歌」と呼ばれ、江戸時代には広く歌われていた様子ですが、この頃には統一された節は無く、録音などの出来ない時代の昔の節は口伝えと思われますから、各札所や巡拝の長い道中で各自各自が自分達の覚えた節で、ほとんどバラバラに唱えていたのだろうと思われます。

その様なバラバラに存在した 「巡礼歌」を、 大正時代初期の頃に収集・編纂して、巡礼の為だけの「巡礼歌」ではなく、民衆の心をゆさぶり、仏教信仰の精神修養としての格調ある宗教音楽の「御詠歌」に作り上げたのが真言宗系の大和流御詠歌と言われています。

その後、大和流や妙音流を基に更に理論的に整然と編纂された金剛流御詠歌(高野山真言宗)が作られ、「御詠歌」が各宗派に広まっていきました。